Arsenal tapte første av to kvartfinalekamper i Champions League.
Sesongens første pokal er allerede i boks, men det kjempes fremdeles om flere triumfer for damelaget.
I Champions League må Bayern München med norske Tuva Hansen og Emilie Bragstad i troppen.
På Allianz Arena fikk Arsenal en tidlig mulighet til å ta ledelsen da Stina Blackstenius fikk stå ålene på rundt fem meter.
Svensken forsøkte å heade et innlegg i mål bak keeper Maria Luisa Grohs, men klarte ikke å presse avslutningen under tverrliggeren.
Det gjorde derimot Lea Schuller, som i en duell mot Laura Wienroither inne i feltet ruvet høyest i luften. Ballen seilte inn i korthjørnet og sendte tyskerne opp i føringen.
Caitlin Foord var uhyre nære å utligne for The Gunners drøye seks minutter ut i den andre omgangen med et velplassert skudd, men dessverre smalt kula i treverket.
Noen minutter senere ble det noen kaotiske minutter der Arsenal-spillerne nærmest stod i kø for å score, men hjemmelaget fikk klarert unna på målstreken både to og tre ganger.
Den forløsende scoringen kom aldri for Arsenal, til tross store sjanser, og måtte konstatere at det ble 1-0-tap i første oppgjør.
Dermed må Arsenal vinne over den tyske storklubben når de møtes i returoppgjøret på Emirates stadium onsdag 29. mars.
Arsenals 11er: Zinsberger, Wienroither (Pelova, 60), Williamson, Rafaelle, Maritz, Walti, Little (C), Maanum, McCabe, Foord, Blackstenius (Kuhl, 80)
Ubrukte reserver: D'Angelo, Marckese, Beattie, Wubben-Moy, Hurtig, Agyemang
Bayern Münchens 11er: Grohs, Hansen, Viggosdottir, Kumagai, Rall, Stanway (Bragstad, 90), Zadrazil, Magull (C) (Kett, 84), Lohmann, Buhl, Schuller (Damnjanovic, 78)
Ubrukte reserver: Benkarth, Vilhjalmsdottir, Laurent, Simon, Ernst, Landenberger, Gloning, Rudelic